In Oberösterreich gibt es zwei altkatholische Kirchengemeinden. Die Kirchengemeinde Ried im Innkreis (Muttergemeinde) und Oberösterreich West zählt 150 Mitglieder.
In Oberösterreich gibt es fünf Baptistengemeinden: in Bad Ischl, Grein, Steyr, Linz und Vöcklabruck.
Mit 34 Pfarrgemeinden und 8 Tochtergemeinden ist die Evangelische Kirche A. B. in Oberösterreich vertreten.
In Linz-Leonding befindet sich eine Gemeinde der Evangelischen Kirche H. B.
In Oberösterreich gibt es in Linz und in Ried im Innkreis Gemeinden der Evangelisch-methodistischen Kirche.
In zwei Orten in Oberösterreich, in Linz und in Schärding, gibt es Gemeinden der Koptisch-orthodoxen Kirche.
Die Serbisch-orthodoxe Kirche ist in Oberösterreich mit Gemeinden in Linz, Gmunden, Enns und Braunau vertreten.
